Identyfikacji zagrożeń dokonuje się na podstawie analizy zebranych informacji, podczas której zespół oceniający powinien udzielić odpowiedzi na pytania:

• jakie czynniki szkodliwe, niebezpieczne i uciążliwe, które mogą stanowić źródło zagrożenia występują na analizowanym stanowisku?
• kto jest narażony na oddziaływanie tych czynników?

Przed przystąpieniem do identyfikacji zagrożeń zalecane jest określenie sposobu postępowania, umożliwiającego systematyczną analizę zebranych informacji w celu określenia, jakie zagrożenia występują na stanowisku pracy. 

Do identyfikacji zagrożeń na stanowiskach pracy nie należy stosować metod skomplikowanych. Wykorzystuje się tu najczęściej listy kontrolne, w których wymienione są podstawowe czynniki szkodliwe, niebezpieczne i uciążliwe mogące wystąpić na stanowisku pracy. Listy takie powinny mieć charakter otwarty i umożliwiać dopisywanie nowych, nie uwzględnionych w nich wcześniej zagrożeń. Na liście zaznacza się te czynniki, które występują na analizowanym stanowisku i dopisuje czynniki nowe.

Wynikiem identyfikacji zagrożeń może być:

• pełne zidentyfikowanie występujących na stanowisku pracy zagrożeń;
• wskazanie tych zagrożeń i/lub obszarów, dla których osoby wyznaczone do oceny ryzyka zawodowego mogą ją przeprowadzić na podstawie zebranych informacji samodzielnie oraz tych zagrożeń i/lub obszarów, dla których ryzyko zawodowe może być ocenione po uzyskaniu dodatkowych informacji lub z pomocą dodatkowych ekspertów. Dla tych zagrożeń przygotowuje się plan dalszych działań w celu dokonania oceny.